神秘森林是一个隐藏区域，位于煤矿森林的西北角，入口被一个大圆木挡住，只有升级到钢斧才能砍开它。从农场出发往南走，穿过煤矿森林后，在巫师塔正北方向有一条被树木遮掩的小路，砍开圆木即可进入。要进入神秘森林，玩家需要将斧头升级到钢斧级别。升级斧头需要前往铁匠铺，支付相应材料和金币，耗时两天完成。拥有钢斧后，玩家可以砍伐挡路的圆木，进入隐藏区域。路径从农场向南穿越煤矿森林，仔细搜寻巫师塔北侧的隐蔽入口，即可发现通往神秘森林的小径。建议玩家在升级工具前合理安排农场工作，因为升级期间斧头无法使用。
进入神秘森林后，玩家可以获取多种珍贵资源。森林内每天刷新六个大树桩，分布在北部开阔区域和南部密林中，砍伐这些树桩能获得硬木，每个树桩产出两个硬木，每日总计十二个，是游戏中硬木的主要来源。硬木用于建造高级建筑和制作工艺品，如马厩和豪华沙发。森林生长着季节性采集物，春季有羊肚菌，夏季有蕨菜，秋季有鸡油菌，这些物品在游戏前期通常只能在此找到，是完成社区中心收集包的重要素材。西南角的池塘是钓到木跃鱼的唯一地点，除非玩家选择了森林农场开局，木跃鱼是一种珍稀鱼类，可用于捐赠或出售，池塘中还常年有鲤鱼和鲶鱼可钓。
神秘森林中还包含一些特殊互动和功能。森林深处有一尊老坎诺利大师的雕像，如果玩家献祭一个宝石甜莓，雕像会回报一颗星之果实，永久提升玩家的能量上限。宝石甜莓通过种植稀有种子获得，稀有种子建议在旅行货车寻找，春夏季更容易出现。在游戏版本更新后，秘密森林新增了遗失物品商店，玩家可以以一万金的价格买回因故永久遗失的特殊物品，比如NPC好感度奖励的家具。森林内栖息着史莱姆，它们会攻击玩家，有时还会交配产生小史莱姆，需要玩家小心应对以确保安全探索。
