支线古墓的谜题设计多样且富有挑战性，例如审判凝视古墓需要玩家利用滑车和重物系统来升起神像前的梯子，关键在于理解滑车联动原理并操作多组机关。太阳神庙古墓则围绕光线反射展开，玩家需要调整房间内四面镜子的角度，将光线依次射向正确的桥梁机关以构筑通路。咆哮洞穴古墓的谜题与风和摆锤息息相关，玩家需推动机关引导气流，并利用弓箭和绳索箭矢改变摆锤的摆动轨迹来撞毁障碍物并最终熄灭通道火焰。
另一些古墓则考验玩家的时机把握与空间判断能力，战士之路古墓是一个巨大的旋转构造，玩家需要踏入中央转盘避开刀片，启动机关使石柱的刀片手臂收起，并抓住有限的时间沿环形道路避开陷阱前进，通过反复操作机关来降低中央石柱。生命之树古墓的流程更偏向于线性探索与道具运用，玩家需要使用火焰箭矢引爆瓦斯来推动或升降平台，并沿途用小刀割断绳索、撬开机关，通过一连串的机关互动抵达终点。
还有如冥界之门等古墓，其解法涉及转动转轮、使用绳索箭矢连接、把握时机跳上移动的石头等操作，而古老水道、圣科尔瓦多等古墓也各有其独特的机关设置与破解逻辑，共同构成了游戏丰富的支线探索内容，这些古墓不仅需要观察力，也考验对游戏物理机制的理解。
完成所有支线古墓的挑战是达成游戏100%完成度的重要一环，这些古墓的奖励通常有助于提升劳拉的能力，虽然部分古墓的谜题可能让玩家感到棘手，但通过细致的观察和逻辑推理，一步步解开古老机关的秘密，本身也是古墓丽影系列的核心乐趣所在，建议玩家在推进主线的间隙，积极寻找并挑战这些隐藏的古墓。
