进入遗迹山谷，首先得完成三周目的剧情。这时候需要找大木博士升级图鉴到386版，然后坐船前往火焰山。在火焰山右边的山洞里用怪力技能推动石头，拿到红宝石后带回给博士，就能获得船票开启七岛之旅。拿到船票后直接坐船前往4号岛，和商店旁边屋子里的人对话，之后去右边的冰洞。冰洞里的冰面会打滑，需要小心移动，在最深处拿到登瀑布技能。用这个技能爬上岛屿的瀑布，会遇见冰天王，战胜他就能获得第一个口令。接着前往5号岛，左上角使用冲浪技能下水，途中会遇到一个NPC送你波克比的蛋，继续前进进入小岛山洞，收集齐五个道具后会被女孩带回家，这样就能解锁6号岛。
到了6号岛后，先去宝可梦中心和小茂对话，然后往南边走。这里需要用间合斩砍树开门，进入遗迹山谷的天洞穴。洞穴里是个小迷宫，按照上、左、右、下的顺序走到底层，触发剧情拿到蓝宝石。不过刚拿到就会被抢走，但别担心，这时候会得知第二个暗号。
拿到暗号后返回5号岛，输入密码进入火箭队仓库，打败里面的敌人拿回蓝宝石。带回1号岛交给博士，就能解锁两个地区的通讯功能。最后去7号岛，南边走会遇到安侬，回到华蓝市左边的山洞深处还能捕捉超梦。8号岛的山洞里有凤凰和洛奇亚，而遗迹山谷的谜题就全部解开了。
