幻之试炼2的最终挑战，集中在游戏末期的首领战，尤其是第七关的宇智波带土忍界大战。这场战斗分为三个阶段，第一阶段他会亲自上场试探你的实力，第二阶段则会召唤出攻击范围巨大的外道魔像进行干扰，到了第三阶段，带土现出真身，攻击更为狂暴，并且场地上还会持续出现人柱力进行骚扰，战斗节奏非常紧凑，对玩家的走位、输出时机和资源管理都有极高要求。
攻克最后的难关，确立一个清晰且强大的战斗流派是根基。目前主流的通关思路主要分为一拳流、清屏流和发育流。如果你使用的是李洛克这类体术忍者，一拳流是绝佳选择，其核心在于获取岩落之拳、无臂·均衡等强化普攻的能力，配合恢复之拳等续航技能，可以实现拳拳到肉的稳定输出。若你偏爱漩涡鸣人系列忍者，清屏流则更为合适，通过叠加邪化查克拉、永恒查克拉、结印增强等能力，将奥义技能的伤害最大化，达到清屏效果。而发育流，或称秘卷流，则依赖一字连柱或土遁·土流枪等秘卷，并尽可能获取秘卷连发、秘卷魔化等强化能力，通过秘卷的爆发伤害来过关，这种流派对前期的运气有一定要求。
合理的能力强化搭配和资源管理是支撑你走到最后的关键。在能力选择上，一定要围绕你确定的流派核心进行构建，避免选择过于分散导致输出或生存不足。前期应优先保障生存，例如假死、恢复之拳、防御之卷等保命能力非常珍贵，之后再逐步叠加输出类能力。资源方面，你可以通过修罗模式积累试炼币，然后在普通模式中领取，用以强化忍者的初始属性，为挑战降低一些难度。在前期的小怪关卡中，要尽量追求无伤通过，为后面面对高强度首领时留存足够的容错空间。如果在一局游戏中长时间没有获得关键的核心能力，可以考虑主动结束挑战重新开始，以节省时间。
面对最终关卡前的守关首领佩恩天道以及宇智波带土时，需要掌握特定的应对技巧。佩恩天道拥有吸附抓取的一技能和具备无敌帧但略有前摇的神罗天征，对战他时要格外注意其霸体状态，推荐选用拥有抓取技能的忍者来有效应对。当佩恩陷入困境召集其他五道助阵并释放地爆天星时，必须在倒计时结束前击破全部分身。而面对最终首领带土，尤其是在他的第三阶段，灵活的走位比盲目输出更重要。他的顺身术和大范围攻击需要你保持Y轴移动，善于利用场地边缘进行迂回。分身流可以携带灵魂链接让分身分担伤害，本体专注于躲避；秘卷流则要把握好控制技能的时机，在带土或外道魔像释放致命技能前进行打断或拉开距离。
