命令与征服：将军以近未来全球反恐战争为核心背景，构建了中国、美国、全球解放军（GLA）三大阵营的完整剧情线，三条战役相互衔接，完整呈现一场席卷欧亚非的大规模冲突，玩家可依次体验三方视角下的战争全貌。游戏剧情从GLA发动核武袭击中国首都开启，随后三方势力围绕反恐、复仇与扩张展开持续对抗，每个阵营都有专属的任务目标与剧情走向，战场覆盖中亚、中东、欧洲等多个热点区域，任务包含城市防御、大坝攻坚、航天中心争夺、超级武器拦截等高强度作战场景，剧情节奏紧凑且充满反转，完整勾勒出恐怖组织与全球两大强权间的激烈博弈。
中国阵营战役作为剧情开篇，核心是抵御并清剿GLA的恐怖袭击，初始任务便直面首都遇袭的危机，随后展开一系列反击行动，包括摧毁GLA在国内的据点、阻止其破坏关键基建，甚至为阻断敌军推进主动炸毁三峡大坝，逐步将战线推向境外，最终粉碎GLA针对环太平洋区域的阴谋，彻底清除亚太地区的恐怖势力。中国阵营玩法以重型装甲与规模作战为核心，拥有核武、火焰武器等标志性装备，步兵与坦克部队性价比高，盖特机炮、炎黄坦克等单位适合正面推进，还可通过黑客单位干扰敌方系统、获取额外资源，前期需快速部署工人扩张基地，利用广播塔提升部队士气，后期依靠核武超级武器扭转战局，适合稳扎稳打、逐步推进的战术打法。
GLA阵营战役承接中国线的失败，讲述恐怖组织残部重整旗鼓、发动全球反扑的过程，从各地煽动暴动、袭扰中美补给线，到逐步掌控中亚与中东的战略要地，最终夺取哈萨克斯坦拜科努尔航天中心，发射搭载生化弹头的火箭攻击全球目标，展现出弱势势力依靠游击与突袭实现逆转的剧情脉络。GLA玩法偏向游击与不对称作战，所有单位造价低廉、机动性强，擅长隐蔽偷袭与快速突袭，可通过黑市获取资源、回收敌方残骸补充军备，拥有自爆卡车、生化导弹、地道网络等特色单位与设施，能在废墟中快速重建基地，战斗中多利用地形埋伏、绕后偷袭，优先摧毁敌方经济与补给线，不适合正面硬刚，需依靠灵活机动与持续骚扰拖垮对手。
美国阵营战役作为最终篇章，以全球反恐领袖的身份介入战争，从保护本土与海外军事基地，到在巴格达、里海等区域清剿GLA据点，逐步追查并瓦解GLA的生化武器计划，最终联合部分势力攻入GLA位于哈萨克斯坦阿斯塔纳的核心基地，同时挫败内部与GLA勾结的叛徒，完成全球反恐的最终胜利。美国阵营玩法依托高科技与空中优势，单位性能顶尖、单兵作战能力强，拥有激光坦克、隐形战机、航母、离子炮等先进装备，侦查与远程打击能力突出，前期可快速部署悍马、伞兵控制要点，中期依靠空军掌握制空权，后期凭借离子炮超级武器实施精准打击，但单位造价高昂、补给依赖度高，需合理搭配空地部队，注重侦查与反隐，避免陷入消耗战。
游戏玩法层面，三大阵营均需围绕资源、基地、部队展开策略博弈，核心资源通过油井与补给站获取，需派遣工人或推土机占领采集，基地建设需规划兵营、战车工厂、机场、科技建筑等布局，不同阵营建筑与科技树差异显著。战斗中单位存在明确克制关系，步兵反装甲、坦克反步兵、防空单位克制空军，升级老兵等级与科技可大幅提升战力，同时拥有将军技能系统，通过击杀敌军积累技能点，解锁空袭、伞兵、维修、侦查等辅助技能，单人战役需严格完成剧情任务目标，遭遇战与多人对战则可自由选择阵营、地图与规则，灵活运用阵营特色制定战术，实现摧毁敌方基地或占领关键点位的胜利目标。
