主副将系统是三国群英传2战斗策略的核心机制之一，合理搭配主副将能显著提升战场表现。主将负责指挥全军并承担主要输出职责，副将则通过提供辅助效果或补足主将短板来增强整体战力。开启该系统需玩家主角达到20级，随后在武将面板点击副将按钮即可配置。副将选择需优先考虑激活主将的缘分加成，具体搭配可在武将缘分面板查阅，不同组合会触发攻击、防御或特殊效果加成。
兵种与阵型是主副将协同作战的基础框架。主将携带的兵种需与副将形成互补，例如主将使用近战兵种时，副将可搭配远程兵种提供火力支援。阵型选择需结合双方兵种特性，平头阵适合防御型组合，锥形阵利于突击型搭配。战斗中主副将的站位需根据敌方阵型动态调整，例如面对敌方冲锋阵时，主将前列、副将后列的布局能有效分散敌方火力。副将的军师技需在主将行动间隙释放，例如恢复体力或增加技力的时机应选在主将释放强力武将技之前。
武将技的释放顺序直接影响战局走向。主将应优先使用高伤害或控场技能，副将则侧重辅助类技能。例如主将释放鬼哭神号清兵后，副将可立刻接十面埋伏阻止敌方撤退。当主将技力不足时，副将的增加技力类军师技能确保输出连续性。需注意部分武将技存在前后摇，主副将的技能释放需错开时间避免重叠浪费。伏兵类技能是副将的核心价值之一，后伏兵能在敌方身后召唤士兵形成夹击，尤其配合远程兵种时效果显著。
忠诚度与成长系统是长期培养的关键。俘虏敌方武将后，通过多次释放可提高其投降概率，投降武将作为副将时初始忠诚度较低，需及时赏赐物品或安排胜利战斗提升。主副将的经验分配需均衡，未出战的副将也能获得少量经验。当主将等级提升时，副将的带兵量会同步增长，但骑兵数量增长仅与主将等级相关。后期战斗中，主副将的装备搭配需注重属性互补，例如主将佩戴攻击型武器时，副将可选择增加防御或技力的装备。
开战初期可令副将使用八门金锁冻结敌方士兵，为主将创造输出环境。当敌方武将近身时，副将的御飞刀可减缓其集气速度。撤退战术需谨慎使用，连续三次撤退会导致主将被俘。若需调整阵型，可在大地图模式按F1暂停时间重新部署。主副将的血量管理尤为重要，当主将体力低于30%时应优先让副将释放恢复技能，而非继续强攻。
主副将系统的精髓在于动态适配与资源调配。不同战役需灵活更换副将以应对敌方阵容，例如对抗高武力武将时可选用离间计副将降低其战力。内政期间需定期检查副将忠诚度，避免叛乱。通过持续优化主副将的兵种、技能与装备组合，能在统一三国的征程中占据战略主动。
