船只的操控主要围绕海上战斗和资源运输展开。玩家需通过点击地图目标位置派遣船只，航行过程中可随时调整路线或取消行动。船只分为运输船和战船两类，运输船用于跨海域运送资源，战船则参与海上战斗或保护盟友船只。船只的移动速度受统帅技能和科技加成影响，合理搭配可提升效率。战斗时需手动选择攻击目标，并注意敌方集结动向。
船只的操控核心在于行军路线的规划与战术调整。海域中存在迷雾区域，需提前派遣斥候探索以规避风险。航行中长按屏幕可查看详细路径，短按则直接下达移动指令。若遭遇敌方拦截，可立即撤回或呼叫盟友支援。战船技能需手动释放，例如范围伤害或减速效果，需根据战场形势判断时机。运输船被攻击时会自动触发保护机制，但需在脱离战斗后手动修复。
玩家可通过联盟港口集结多艘战船形成舰队，由主集结者统一指挥。集结期间，其他成员可随时增派兵力或补充资源。舰队行进时需注意保持阵型，避免分散被逐个击破。防守方可通过驻扎要塞或派遣巡逻船干扰敌方舰队行进路线。海域中的中立建筑如灯塔可提供视野加成，优先占领能掌握战术主动权。
统帅选择上，拥有海上行军加成的将领如郑石氏能显著提升机动性。科技研发需优先解锁航海相关的速度与负载技术。船只装备建议侧重防御属性以应对突发战斗。日常任务中的航海挑战是熟悉操控的有效途径，建议定期完成以积累经验。资源运输尽量选择安全航线，必要时可分批次运送降低风险。
后期操控需注重战术协同与风险预判。大规模海战前应统一作战指令，明确集火目标与撤退信号。利用岛屿地形进行伏击或绕后包抄是高级技巧。侦察敌方舰队构成后再决定是否接战，避免以弱敌强。遭遇多方向围攻时可采取分散突围策略。海域天气系统会影响航行速度，需提前查看预报调整计划。定期演练不同阵型转换有助于提升实战应变能力。
